В ответе на решение Синода он прямо заявил, что отвергает «непонятную Троицу», «не имеющую смысла басню о падении первого человека» и «кощунственную историю о Боге, родившемся от девы, искупляющем род человеческий». Учение Церкви он называет «коварной и вредной ложью, собранием самых грубых суеверий и колдовства, скрывающих смысл христианского учения». Колдовством Толстой считал молитвы и церковные Таинства: «чтобы ребенок, если умрет, пошел в рай, нужно успеть помазать его маслом и выкупать с произнесением известных слов, чтобы был успех в деле или спокойное житье в новом доме, для того, чтобы хорошо родился хлеб, прекратилась засуха, для того, чтобы путешествие было благополучно, для того, чтобы излечиться от болезни, для того, чтобы облегчилось положение умершего на том свете, для всего этого и тысячи других обстоятельств есть известные заклинания, которые в известном месте и за известные приношения произносит священник».

В романе «Воскресение» Толстой ядовито описал Таинство Евхаристии. По мнению некоторых историков, именно это стало последней каплей, переполнившей чашу терпения Синода. Но писатель не высказывает ни малейшего сожаления по этому поводу: «Кощунство не в том, чтобы назвать перегородку — перегородкой, а не иконостасом, и чашку — чашкой, а не потиром и т.п., а ужаснейшее, не перестающее, возмутительное кощунство — в том, что люди, пользуясь всеми возможными средствами обмана и гипнотизации, — уверяют детей и простодушный народ, что если нарезать известным  способом и при произнесении известных слов кусочки хлеба и положить их в вино, то в кусочки эти входит бог; и что тот, во имя кого живого вынется кусочек, тот будет здоров; во имя же кого умершего вынется такой кусочек, то тому на том свете будет лучше; и что тот, кто съест этот кусочек, в того войдет сам бог».

отсюда